Universitas Islam Jakarta adalah lembaga Pendidikan Tinggi yang semula bernama Perguruan Tinggi Islam Djakarta (PTID) didirikan dan dibina oleh Yayasan Wakaf Perguruan Tinggi Islam Djakarta (YWPTID) dengan akte Notaris Mr. R. Soewandi Nomor 25 tanggal 21 Nopember 1950 dan dengan perubahan-perubahnya dan terakhir  dengan Akte Notaris Jauhar Arifin, SH N0.157 tanggal 4 Agustus 2008 serta telah didaftarkan pada Kementrian Hukum dan HAM pada tanggal 28 Agustus 2008. 

Awal berdirinya Universitas Islam Jakarta didasarkan pada beberapa hal, yaitu  : membantu pemerintah dalam rangka ikut mencerdaskan masyarakat, terutama masyarakat golongan ekonomi menengah kebawah, bahkan bagi mereka yang belum memperoleh kesempatan pendidikan tinggi. 

Universitas Islam Jakarta merupakan Universitas tertua di Jakarta yang  berdiri sejak 1951 dan telah memiliki alumni yang telah banyak berkiprah di berbagai instansi/lembaga negeri dan swasta melalui program pengembangan akademiknya dengan empat fakultas program sarjana Strata Satu (S-1) yaitu Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Hukum dan Fakultas Agama Islam. Di samping itu pula ada Program Pascasarjana (S2) yaitu :  Program Studi Ilmu Hukum, Prodi Magister Manajemen, Prodi Pendidikan Agama Islam dan Prodi Pemikiran  Islam. Seluruh program studinya telah terakreditasi.

Penyelenggaraan program S2 untuk Prodi Pendidikan dan Pemikiran Islam didasarkan atas kebutuhan masyarakat dalam mengantisipasi perkembangan dan tantangan global dunia pendidikan tinggi. Program magister di Universitas Islam Jakarta telah memiliki 4 program magister yaitu magister hukum, dan magister manajemen dibawah naungan Kementerian Pendidikan Nasional RI dan magister Pendidikan Islam  dan Pemikiran Islam dibawah naungan Kementrian Agama RI yang berdiri sejak tahun 1998 dan telah meluluskan sebanyak 527 alumni bergelar MA dan M,PdI dan tersebar di berbagai instansi baik negeri maupun swasta. Berdasarkan need asessment para alumni internal dan alumni dari lembaga lain berkeinginan kuat untuk melanjutkan studi lanjut ke jenjang Strata 3 (Program Doktor) yang program studinya linier dengan prodi sebelumnya.   

Universitas Islam Jakarta ingin membantu pemerintah memperluas akses dan pemerataan peluang membangun SDM khususnya bidang pendidikan agama Islam melalui Program S3 (Doktor) yang penyelenggraannya berbasis prinsip  profesional, keunggulan mutu sesuai kebutuhan masyarakat sesuai dengan peraturan dan perundang-undangan. 

Memperhatikan berbagai aspek, maka Program Pascasarjana Universitas Islam Jakarta berkeyakinan untuk membuka program Doktor dengan prodi Pendidikan Agama Islam dan menjamin keberlanjutannya (sustainability) bagi pengembangan keilmuan maupun kebutuhan masyarakat madani